Hlavní hrdinkou filmu Případ číslo 39 (Case 39) je sociální pracovnice Emily Jenkins, která toho za roky své praxe viděla skutečně mnoho. Lži, zanedbávaní dětí, zneužívaní dětí – každodenní horor všech dětí se kterými se stretla.

Myslela si, že viděla už všechno, kým se na její stole nezjeví spis s číslem 39. Tenhle případ je však trochu jiný jako ty předcházející.

Za spisem s číslem 39 se ukrývá 10 ročné, tiché a tajomné děvčátko Lillith Sullivan. Lillith je rodiči zneužívaná a proto je z ní tiché a nedůvěrčivé stvoření, které se každého bojí.

Když se jednou jako téměř každou noc pokusí rodiče Lillith opět zneužít, zasáhne Emily. Otřesená a nešťastná z osamělosti a nevinnosti dítěte se rozhodne udělat něco, co si nikdy před tím nedovolila. Sebrala tenhle případ osobně a to natolik, že se rozhodla děvčátko vzít k sobě domů a starat se o ni dokud si nenajde adoptivní rodinu.

Vypadá to jako šťastný konec, ale to je ještě jen začátek nadcházejícího hororu.